Optimalisasi Produk PCR (Polymerase Chain Reaction) Pada Analisa Keragaman Genetik Mikrosatelit Burung Kakatua Kecil Jambul Kuning (Cacatua sulphurea)

Abstract

ABSTRAK
Penurunan populasi burung kakatua kecil jambul kuning (Cacatua sulphurea) kian mengkhawatirkan. Kajian genetik diperlukan dalam mendukung upaya konservasi eksitu satwa tersebut. Keragaman genetik dapat dianalisa dengan Teknik PCR (Polymerase Chain Reaction) namun teknik ini sensitif terhadap beberapa variabel dimana salah satunya adalah suhu annealing. Berdasarkan hal ini diperlukan penelitian optimalisasi produk PCR menggunakan primer mikrosatelit. Sampel penelitian diperoleh dari PT. Taman Burung Citra Bali International sebanyak 4 sampel. Ekstraksi DNA menggunakan modifikasi metode Phenol-Kloroform (Sambrook dan Russel, 2001). Amplifikasi DNA menggunakan mesin PCRx merk Sensoquest menggunakan dua pasang primer mikrosatelit Prob06 dan Prob15§. Campuran untuk proses PCR adalah: PCR Master Mix Solution (i-Taqm) intron biotechnology 9,5 μl, DNA template 2 μl dan primer mikrosatelit 2 μl dengan volume total 13,5μl. Untuk Proses optimasi PCR menggunakan tiga suhu berbeda pada masing masing primer yaitu : suhu annealing 600, 650 dan 700 C pada Prob06 dan suhu 570, 620 dan 670 C pada Prob15§. Analisis DNA mikrosatelit dilakukan di Laboratorium Serologi dan Molekuler UPT Forensik Universitas Udayana, Bukit Jimbaran. Pada lokus Prob 06 semua suhu yang digunakan dalam amplifikasi tidak menghasilkan pita-pita alel DNA atau null alelle. Pada lokus Prob 15 § dengan menggunakan suhu 620C menghasilkan alel 133 pb serta 137 pb. Pada suhu 570C tidak menghasilkan pita-pita atau alel DNA dan pada suhu 670C pita DNA yang dihasilkan berupa pita yang berbentuk smear.
Kata Kunci: Produk PCR, suhu annealing, burung Kakatua kecil jambul kuning, keragaman genetik.
ABSTRACT
The declining population of the Lesser Crested Cockatoo (Cacatua sulphurea) are increasingly. Genetic studies are needed to support exude conservation. Genetic diversity can be analyzed by PCR (Polymerase Chain Reaction) technique but this technique is sensitive to several variables which is one of them is annealing temperature. So, it is necessary to research the optimization of PCR product using microsatellite primer. This research obtained four samples from PT. Taman Burung Citra Bali International. DNA extraction using modification of Phenol-Chloroform method (Sambrook and Russel, 2001). DNA amplification using the Sensoquest PCRx machine and uses two pairs loci microsatellite primers Prob06 and Prob15§. The mixtures for the PCR process are: PCR Master Mix Solution (i-Taqm) intron biotechnology 9.5 μl, 2 μl DNA template and 2 μl microsatellite primer. The PCR optimization process using three different temperatures in each primary are : 600, 650 and 700 C at Prob06 and 570, 620 and 670C at Prob15§. Microsatellite DNA analysis was conducted at Laboratorium Serologi dan Molekuler UPT Forensik Universitas Udayana, Bukit Jimbaran. Band DNA are not produce at Prob 06 in all of temperatures used in amplification. At Prob 15§ using 620C temperature yields an allele of 133 pb and 137 pb. At 570C temperature does not produce DNA bands or alleles and at a temperature of 670C DNA bands are smear.
Keywords: PCR product, temperature annealing, Cacatua sulphurea, Genetic diversity